Mağara Araştırma Derneği’nin amacı, yurdumuzda bulunan mağaraları araştırmak; mağaraları, jeolojik, hidrojeolojik, biyolojik, prehistorik, arkeolojik, coğrafi ve tıbbi olarak değerlendirerek kamu yararına hizmet etmek; doğal ve kültürel zenginlikler olarak mağaraların ve mağaraları doğrudan veya dolaylı olarak etkileyen çevrenin korunmasını sağlamak; mağaracılığın bir doğa sporu olarak geliştirilmesini ve yaygınlaştırılmasına öncülük etmektir.
 
Amaçları doğrultusunda MAD, Türkiye mağaralarının araştırılması ve sınıflandırılması, mağaracılıkla ilgili bilimsel çalışmaların yapılması, doğal güzelliklerin halka tanıtılması, mağara doğal ortamlarının korunması ile ilgili projelerin hazırlanması ve yürütülmesi, çalışmalar sonucunda ortaya çıkarılan mağaralar ve bulgular konusunda makale, dergi ve kitap yayınlanması, raporlar hazırlanması, konferans ve seminerler düzenlenmesi; yurt içinde ve dışında bulunan mağaracılık gurupları ile karşılıklı bilimsel, sportif ilişkiler kurulması ve işbirliğinin geliştirilmesi, sportif mağaracılığın geliştirilmesi ve dernek faaliyetlerinin yaygınlaştırılması, mağaraların ekonomik amaçlı kullanılması girişimlerini öncelikle doğa koruma çerçevesinde değerlendirerek görüş oluşturulması, konu ile ilgili diğer resmi/sivil kuruluşlarla işbirliğine gidilmesi, doğal ve tarihi çevreyi koruyucu çalışmaların yapılması ve çevre bilincini geliştirici faaliyetlerde bulunulması konularında çalışmalar yürütmektedir.

Mağara Araştırma Derneği, dünyanın diğer ülkelerindeki kuruluş ve topluluklar gibi kendi ülkesinin doğal güzelliklerini koruma ve dünyaya bilimsel yöntemlerle tanıtma konusunda oldukça duyarlı davranmaktadır. Ülkemiz doğal güzellikleri bakımından diğer dünya ülkeleri arasında bir inci olarak nitelendirilmekte ve turizm sektöründe bunun karşılığını da almaktadır. Ancak doğal güzelliklerin plan ve programsız turizme açılması, onlardan elde edilecek faydadan çok o değerlerin kaybına ve mahvına sebep olmaktadır. Yeraltına açılan kapılar olan mağaralar ise genellikle yeryüzünde alışkın olmadığımız manzaraları ihtiva etmektedir. Bu güzelliklerin kullanım amacına göre çeşitlendirilmesi ve hizmete sunulması ise çok titiz bir çalışmayı gerektirir. Her mağara kendine özgü bir eko sistem barındırmakta olduğundan, dünya tarihine ve doğal mirasa ait çok önemli bulguları da ihtiva etmektedir. Dolayısıyla bu mirasın insanlığın hizmetine ne şekilde sunulacağı konusu çok iyi irdelenmeli ve değerlendirilmelidir.
 
Ülkemiz mağaralar açısından oldukça zengin bir mirasa sahiptir. Ancak toplum tarafından bu konuda yeteri kadar bilinçlenme henüz gerçekleşmiş değildir. Yerel veya bölgesel idarelerin ve hatta bazı resmi kuruluşların çeşitli zamanlarda yapmış oldukları çalışmalar neticesinde telafisi mümkün olmayan büyük zararlar ile mağaralar turizme açılmaktadır. Turizm elbette bir ülkenin gelişmesinde oldukça etkili bir araç ve ekonomik kaynaktır. Ancak yerli ve yabancı turistlerin son yıllarda özellikle eko turizmine yönelmeleri, doğal güzellikleri en doğal halleriyle izlemek istemelerinden kaynaklanmaktadır. Turizme açma kaygısıyla tahrip edilen doğal güzellikler ise bir süre sonra değerini yitirmektedir. Türkiye’de daha önce örneklerine defalarca rastlanmış olan bu tür olaylar sonucu, elde edilen gelirden çok daha fazla miktarlarda para, yenileme çalışmalarına harcanmıştır.

Mağaracılık alanında turistik ve bilimsel olarak yapılacak çalışmalar için Mağara Araştırma Derneği’nin görüşlerinin alınması, mağaraların korunarak kullanımını sağlayacaktır. Bu anlamda konu ile ilgili MAD’a yapılan başvurular değerlendirilerek başvuru sahibine gerekli bilgilerin verilmesine çalışılmaktadır.